동양학연구원은 해외 유수의 학술기관과 학술교류협정을 체결하고 공동프로젝트를 추진하는 등 활발한 해외학술교류사업을 진행하고 있다. 2015년 본 연구원은 上海 復旦大學의 한국연구센터(韓國硏究中心)와 협약을 체결하고, 공동으로 ‘한국의 해방과 중국의 승전 70주년기념’으로 한중국제학술회의를 복단대학에서 개최하였다. 이후에도 연구원 상호 교류를 통한 공동 연구 추진, 정기적인 공동 학술회의 개최, 학술지 및 연구자료 상호 교환 등의 사업을 추진할 계획이다. 뿐만 아니라 중국 동북의 한국학 연구 중심 기관인 吉林의 北華大學 동아시아문헌연구소(東亞文獻硏究所)와도 6월 7일 연구협약을 체결했다. 이에 양 기관은 상호 협력하여 공동으로 추진 할 수 있는 연구주제 개발 및 두 기관의 연구원과 교수들이 참여하는 공동 연구를 추진하고 있다. 2016년에는 한∙중이 공동으로 항전한 역사연구를 공동의 관심사로 인식하고, 이에 따른 연구를 공동으로 추진하기 위하여 沈陽의 9·18역사박물관(9·18歷史博物館)과 교류협약을 체결하고, 양 연구기관의 학문적 상호 교류를 증진하기 위해 2016년 9월 ‘9.18사변과 동북지역 한중공동항일투쟁’ 학술회의를 개최하였다. 2017년 3월에는 天津南開大學 歷史學院과 공동으로 ‘한중관계의 역사와 현황연구’ 학술회의를, 2018년 1월에는 西安 陝西師範大와 공동으로 ‘서안과 한국의 독립운동’ 학술회의를 개최하였다.