전자전기공학 프로그램의 교육목표는 단국대학교의 건학 이념과 공과대학의 공과대학의 교육목표를 바탕으로하여 지식사회를 선도하는 글로벌 리더십, 공학적인 분석 능력 및 창의력을 겸비하며, 전자전기공학분야의 전문지식 및 현장 적응력을 갖춘 인재 양성을 위하여 외부 자문위원회, 졸업생과 재학생의 의견조사, 교수들의 의견조사 내용을 종합하여 다음과 같이 설정하였다.
교육목표 Ⅰ : 공학 윤리와 글로벌 리더십을 갖춘 전자전기공학 기술인을 양성한다.
교육목표 Ⅱ : 공학적인 분석 및 문제해결능력을 배양한다.
교육목표 Ⅲ : 전자전기공학 분야의 전문지식 및 현장적응력을 갖춘 인재를 양성한다.